Pada umumnya, rute yang ditempuh oleh para pengunjung atau wisatawan untuk sampai di lokasi wisata Raja Ampat adalah dengan melakukan perjalanan udara, dan menuju ke kota Sorong – Papua Barat ( Domine Edward Osok ). Di bandara ini tidak ada jalur penerbangan internasional yang bisa langsung menuju ke Domine Edward Osok. Jadi, apabila Anda yang datang dari luar negeri, Anda harus transit dulu di Jakarta, Surabaya, Denpasar atau Makasar. Dan apabila Anda ingin menempuh jalur terpendek, Anda dapat transit dulu di Ujung Pandang dan memakan waktu sekitar 5 jam 15 menit untuk sampai di kota Sorong.
Kemudian dari kota Sorong, perjalanan dilanjutkan dengan menggunakan kendaraan taxi menuju ke palabuhan rakyat untuk menuju ke ibukota Raja Ampat ( Waisai ).
Setelah itu, perjalanan Anda akan dilanjutkan kembali dengan menggunakan transportasi Kapal Ferry atau bisa menyewa speed boat, dan disarankan di pelabuhan ini Anda harus menyediakan perbekalan seperti air mineral, makanan instan dan lain sebagainya. karena di Waisai (ibukota Raja Ampat), harga keperluan perbekalan semakin mahal. Di pelabuhan ini ada dua kapal ferry yang melayani jalur perjalanan dari Sorong ke Waisai, dan biasanya berangkat tiap pukul 14.00 WIT, kemudian kapal yang satunya akan berangkat sekitar 1 – 2 jam kemudian. Perjalanan akan memakan waktu 4 – 5 jam untuk sampai di pelabuhan Waisai.
Akan tetapi bagi Anda yang mempunyai keinginan menyewa speedboat, waktu yang sangat ideal untuk menyeberang adalah sebelum air laut naik, yang biasanya di akibat gelumbang pasang atau sekitar sebelum pukul 12.00 WIT. Hal ini dilakukan karena dikuatirkan terjadi hal – hal yang tidak diinginkan, karena besar speedboat lebih kecil daripada Kapal, sehingga sangat mudah terguncang oleh ombak.
Kemudian yang menjadi catatan bagi Anda adalah patuhilah instruksi dari Nahkoda kapal apabila menginstruksikan menunda perjalanan menuju ke pelabuhan Waisai karena cuaca buruk, gelombang pasang atau masalah lainya. Memang agak rumit sekali rute perjalanan ke Raja Ampat. Akan tetapi, kedepan pemerintah setempat akan mengembangkan bandar udara di Waisai ( Bandar Udara Marinda ), yang nantinya bisa mempermudah akses ke Raja Ampat.
Setelah sampai di pelabuhan Waisai, perjalanan dilanjutkan untuk ke kota dimana Anda dapat dengan mudah mencari penginapan disana. Akan tetapi sebelumnya harus mendatangi kantor Depbudpar setempat, untuk membayar biaya konservasi yang wajib dikenakan bagi setiap wisatawan yang mengunjungi ke wilayah Raja Ampat. Setelah itu baru Anda dapat mencari tempat penginapan.