Taman laut Bunaken didirikan pada tahun 1991, wilayah ini terus dikembangkan untuk kawasan wisata. Jumlah pengunjung di Taman Nasional Bunaken mencapai 32.000 hingga 39.000 jiwa, 8-10.000 diantaranya, merupakan turis asing.
Pada tahun 2005, Pemerintah Indonesia mendaftarkan taman nasional tersebut kepada UNESCO, untuk dimasukan kedalam Situs Warisan Dunia. Taman Nasional Bunaken memiliki ekosistem terumbu karang yang sangat kaya. Disini terdapat sekitar 390 spesies terumbu karang di wilayah ini. Bahkan, Bunaken merupakan salah satu ekosistem yang memiliki keanekaragaman kekayaan laut yang terbanyak di dunia.
Disana kita dapat menemukan berbagai jenis spesies alga seperti Halimeda dan Padina, sementara spesies rumput laut yang banyak ditemui adalah Thalassia hemprichii, Enhallus acoroides, dan Thalassaodendron ciliatum. Selain itu sekitar 90 spesies ikan menghiasi keindahan taman laut ini. Mamalia laut, reptil, burung, moluska dan mangrove juga dapat ditemukan disini.
Sementara itu, diwilayah daratan, pulau ini kaya akan sagu, Arecaceae, silar, woka dan kelapa. Hewan yang tinggal di daratan juga hidup dipulau ini seperti seperti rusa dan kuskus. Hutan mangrove di taman ini menjadi habitat bagi kepiting, lobster, moluska dan burung laut.
Bagi Anda yang ingin menikmati keindahannya, Taman Laut Bunaken menyediakan 29 titik selam (dive spot) dengan kedalaman mulai 1.344 meter. Titik selam yang biasa dikunjungi penyelam, terdapat 12 titik selam.
Keindahan Taman Laut Bunaken juga dapat dinikmati dengan menggunakan kapal semi selam yang terdapat di lepas pantai pulau Bunaken. Kapal ini didesign dengan menggunakan dinding-dinding berkaca, sehingga jika kita masuk kedalamnya, kita dapat melihat kehidupan dan keindahan bawah laut.